לקראת ביקור הנשיא ביידן בישראל, בצמרת הביטחונית הישראלית התעורר ויכוח חריף על השאלה האם יש תועלת בחזרה להסכם הגרעין. הויכוח הקשה והמר בין המוסד  לאמ"ן נסוב אודות השאלה האם ישראל צריכה לתמוך בהגעה להסכם גרעין חדש או עדיף שהמעצמות לא יגיעו להסכם גרעין חדש עם איראן. ראש אמ"ן אלוף אהרון חליווה גורס כי הסכם גרעין גרוע עדיף על מצב שבו אין הסכם, מכיוון שהדבר יאפשר לישראל להרוויח זמן חשוב ולהכין היטב את האופציה הצבאית לתקיפת מתקני הגרעין באיראן.לעומת זאת, ראש המוסד דוד ברנע גורס כי הגעה להסכם גרעין חדש עם איראן היא גרועה לישראל, ישראל תרוויח בתרחיש הזה פרק זמן של כשנתיים וחצי של שקט אך צה"ל לא יספיק להיות מוכן להתקפה צבאית מוצלחת על מתקני הגרעין באיראן. ההערכה במוסד היא כי לאחר הסרת הסנקציות הכלכליות מעל איראן בעקבות החתימה על הסכם גרעין חדש, יוזרמו עשרות מילארדי דולרים לשלוחות שלה ברחבי המזרח התיכון והיא תחזק את מנגנוני הפיגועים שלה בחו"ל. הערכת המוסד קובעת כי בשנת 2025, לאחר הסרת ההגבלות מעל איראן, היא תשעט לעבר העשרת אורניום לרמה הגבוהה ביותר ללא כל פיקוח. באופן מעניין, גם הרמטכ"ל כוכבי, המעורב במחלוקת החריפה הזו, דווקא תומך בעמדת המוסד נגד עמדת ראש אמ"ן. הוויכוח הקשה בין המוסד לאמ"ן הודלף לאמצעי תקשורת, בגלל ההדלפה הזו והדלפות נוספות שר הביטחון בני גנץ הורה על חקירה לאיתור המדליפים.